Na rede municipal de ensino, estudantes com deficiência, Transtorno do Espectro Autista (TEA) e com Altas Habilidades também têm pleno acesso à educação no âmbito da escola regular. A fim de garantir o direito inalienável à educação para todos, a Prefeitura de Fortaleza organiza diferentes ações que englobam a implementação e a oferta de serviços para a educação inclusiva.

Atualmente, cerca de 5.600 alunos são acompanhados pelo Atendimento Educacional Especializado (AEE) da rede municipal de ensino, seja nas 137 Salas de Atendimento Multifuncional, em instituições conveniadas à prefeitura, ou por meio de práticas pedagógicas inclusivas em sala de aula comum.

Em 2015, foi também inaugurada Escola Municipal de Tempo Integral de Educação Bilíngue Francisco Suderland Bastos Mota. A instituição garante a promoção da identidade linguístico-cultural para estudantes ouvintes, surdos e com surdocegueira. No modelo bilíngue, a Língua Brasileira de Sinais (LIBRAS) se constitui como língua de convivência, comunicação e instrução acadêmica, enquanto a Língua Portuguesa, mantida como segunda língua, é objeto de ensino na modalidade escrita e instrumento necessário à comunicação, construção do conhecimento e o acesso às informações.